Se constituye, de manera indefinida a principios del presente siglo, adscrita a la Consejería de Cultura de la Ciudad Autónoma. Cuenta con personalidad jurídica propia para la realización de sus principales objetivos: La conservación, mantenimiento, restauración, difusión e investigación del Patrimonio Histórico-Artístico y la revitalización de los espacios protegidos declarados Bienes de Interés Cultural, entre otros. Derivado de ello y teniendo en cuenta los valores intangibles de su interculturalidad y la ejemplaridad de la convivencia en esta ciudad norteafricana, entre los fines fundacionales también está conseguir su inscripción en la Lista del Patrimonio Mundial.

La primera reunión de la Comisión Ejecutiva se llevó a cabo en octubre de 2001. En ella se realiza la convocatoria del Consejo Rector para el día siguiente. El lugar elegido fue el despacho del cronista de la ciudad situado en la Batería Baja del Baluarte de la Concepción.

La primera partida presupuestaria con que se iba a contar (30 millones de pesetas), fue invertida en gran parte en el acondicionamiento de dicha sede. Las obras se prolongaron desde finales de 2001 hasta mediados de junio de 2002. Al inicio de ese verano, se ocuparon las nuevas oficinas.

En septiembre de 2005 se anuncia la rehabilitación del Faro de Melilla la Vieja (1918) para nueva sede de la Fundación Melilla Ciudad Monumental. El autor del proyecto fue el arquitecto melillense Mateo Bazataquí, con un coste de 300.000 euros. La inauguración tuvo lugar en agosto de 2007.